Gisslén blir ny statsepidemiolog ved den svenske Folkhälsomyndigheten fra den 11 september 2023, opplyser myndigheten i en pressemelding. 

Dermed tar han over etter Anders Tegnell som under pandemien ble internasjonalt kjent etter å ha lagt Sveriges stategi for koronahåndteringen, som hadde få restriksjoner sammenlignet med nabolandene. Tegnell gikk av for omlag et år siden for å starte i en jobb i Verdens helseorganisasjon, men dette ble ikke noe av. Stillingen som statsepidemiolog i Sverige har fram til nå vært besatt av en vikar. 

Magnus Gisslén mener Sveriges koronahåndtering generelt var god. Ifølge danske MedWatch og Ritzau retter han imidlertid kritikk mot Folkhälsomyndigheten.

– Jeg og mange andre i helsevesenet forsto tidlig at dette ville bli alvorlig. Jeg synes Folkhälsomyndigheten var litt sene med å videreformidle at det var risiko for en pandemi, som med stor sannsynlighet også ville ramme Sverige, sier han til Svenska Dagbladet.

Magnus Gisslén er professor i infeksjonssykdommer på på Sahlgrenska akademiet ved Gøteborgs universitet, og overlege på infeksjonsklinikken ved Sahlgrenska universitetssjukhuset i Gøteborg.